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Préface / Introduction
Partie 1 : Les notions / 1.1 : Les processus / Chapitre 1 : Variation / Chapitre 2 : Hérédité / Chapitre 3 : Sélection / Chapitre 4 : Adaptation / Chapitre 5 : Fonction / 1.2 : Les patrons (« patterns ») / Chapitre 6 : Caractère / Chapitre 7 : Espèce / Chapitre 8 : Filiation / Chapitre 9 : Vie
Partie 2 : Le darwinisme en chantier / 2.1 : Épistémologie / Chapitre 10 : Pourquoi et comment formaliser la théorie de l’évolution ? / Chapitre 11 : Continuités et discontinuités des mécanismes de la variation dans L’Origine des espèces / Chapitre 12 : La fitness au-delà des gènes et des organismes / Chapitre 13 : Darwinisme et biologie moléculaire / Chapitre 14 : La biologie des systèmes peut-elle se passer d’une vision évolutive ? / Chapitre 15 : L’(in)déterminisme de l’évolution naturelle : quelles origines pour le caractère stochastique de la théorie de l’évolution ? / Chapitre 16 : Darwin et la phylogénétique : hier et aujourd’hui / Chapitre 17 : Récit de l’histoire de la vie ou De l’utilisation du récit / 2.2 : Des molécules aux écosystèmes / Chapitre 18 : De quoi la biologie synthétique est-elle le nom ? / Chapitre 19 : Sélection naturelle et immortalité / Chapitre 20 : Une approche darwinienne de l’ontogenèse / Chapitre 21 : La génétique du développement comparée et son apport à la théorie de l’évolution / Chapitre 22 : Darwinisme, évolution et immunologie / Chapitre 23 : Comportement et évolution : regards croisés / Chapitre 24 : Le sexe et l’évolution / Chapitre 25 : Coûts biologiques d’une petite taille pour les Homo sapiens femelles : nouvelles perspectives sur le dimorphisme sexuel de stature / Chapitre 26 : Écologie et évolution : vers une articulation multi-hiérarchisée / Chapitre 27 : La niche écologique : histoire et controverses récentes / Chapitre 28 : Darwin et la médecine : intérêt et limites des explications évolutionnaires en médecine / Chapitre 29 : Avons-nous besoin d’une « synthèse évolutive étendue » ?
Partie 3 : Le darwinisme exporté / Chapitre 30 : L’exportation de la pensée phylogénétique en biochimie / Chapitre 31 : Les algorithmes évolutionnaires / Chapitre 32 : Evolution de robots autonomes et autres créatures artificielles / Chapitre 33 : La psychologie évolutionniste : enjeux, résultats, débats / Chapitre 34 : Les modules dans la chair / Chapitre 35 : Le développement comme cible de l’évolution : une approche computationnelle des systèmes développementaux / Chapitre 36 : La Psychologie Évolutionniste, l’adaptation et l’organisation / Chapitre 37 : Des sciences cognitives évolutionnaires doublement externalistes / Chapitre 38 : A propos de la notion de nature humaine / Chapitre 39 : Une anomalie de l’évolution : le langage / Chapitre 40 : Évolution, société, éthique : darwinisme social versus éthique évolutionniste / Chapitre 41 : Morale darwinienne et darwinisme moral / Chapitre 42 : Les darwinismes contemporains en sciences humaines / Chapitre 43 : L’économie évolutionniste : une forme spécifique d’évolution ? / Chapitre 44 : La linguistique historique, nouveau terrain d’expérimentation de la phylogénie / Chapitre 45 : Fonctions biologiques et contenus sémantiques : la téléosémantique
Partie 4 : Le darwinisme reçu / Chapitre 46 : Évolutionnisme(s) et créationnisme(s) / Chapitre 47 : L’enseignement de la théorie de l’évolution dans le secondaire : quelques enjeux didactiques / Chapitre 48 : Les dessous de l’hominisation : les origines de l’homme entre science et quête de sens
Postface / In memoriam
Préface de Jean GAYON (p. 3)
Introduction / Les mondes darwiniens / Thomas HEAMS, Philippe HUNEMAN, Guillaume LECOINTRE, Marc SILBERSTEIN (p. 11)
Partie 1 : Les notions
1.1 : Les processus
Chapitre 1 (p. 17) / Thomas HEAMS / Variation
1 – Quelles sont les variations qui peuvent se transmettre par le jeu des pressions évolutives ?
2 – Comment les mutations apparaissent-elles ?
3 – Variation, ploïdie et sexualité
4 – Action des variations, évolvabilité, épigénétique
5 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 2 (p. 31) / Thomas HEAMS / Hérédité
1 – Une notion polymorphe…
2 – Les réfutations de l’hérédité des caractères acquis
3 – L’essor et le développement de la génétique
3.1 – Intermède : le lyssenkisme, une affabulation criminelle à propos de l’hérédité
4 – L’ADN, support moléculaire de l’hérédité génétique
5 – D’autres hérédités
5.1 – Transferts horizontaux
5.2 – Hérédité cytoplasmique
5.3 – L’hérédité mosaïque : le microchimérisme
6 – Une hérédité non mendélienne : le « retour » de l’épigénétique
Références bibliographiques
Chapitre 3 (p. 47) / Philippe HUNEMAN / Sélection
1 – Le principe de sélection naturelle (quand et pourquoi y a-t-il sélection naturelle ?)
1.1 – L’explication sélectionniste
1.2 – Les conditions nécessaires et suffisantes
1.3 – Réplicateurs et interacteurs
2 – Qu’est-ce qu’explique la sélection naturelle, et comment ?
2.1 – Types de sélection
2.2 – Épistémologie des explications par la sélection
3 – Le statut de la sélection naturelle
3.1 – La sélection est-elle une loi naturelle ?
3.2 – Lois et contingence
4 – Unités et niveaux de sélection
4.1 – Position du problème : sélection de groupe, sélectionnisme génique
4.2 – Unités et niveaux de sélection : causalité vs. représentation
4.3 – Pluralisme
5 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 4 (p. 87) / Philippe GRANDCOLAS / Adaptation
1 – Le concept, sa définition et ses implications
2 – L’histoire du concept
3 – Adaptation ou préadaptation et exaptation ?
4 – Un exemple et une discussion exemplaire : la nature adaptative de la marcescence des chênes
5 – Quelques problèmes conceptuels
6 – Quand il n’y a plus adaptation : maladaptation ou désaptation
7 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 5 (p. 105) / Armand DE RICQLES & Jean GAYON / Fonction
1 – Un concept omniprésent dans les sciences de la vie
2 – Le fonctionnalisme, un masque « présentable » du finalisme en biologie ?
3 – Structures et fonctions, adaptation, systèmes
4 – La dimension temporelle et ses conséquences
5 – Forme et fonction
6 – Les solutions modernes : deux conceptions non finalistes de la fonction
7 – Conclusions : questions ouvertes
Références bibliographiques
1.2 : Les patrons (« patterns »)
Chapitre 6 (p. 127) / Véronique BARRIEL / Caractère
1 – Qu’est-ce qu’un caractère ?
2 – Quels caractères utiliser ?
3 – Le caractère en systématique phylogénétique
4 – L’établissement d’une matrice taxons caractères : le codage
5 – La région naso-maxillaire des primates hominoïdes
6 – Caractère et état de caractère
7 – Le caractère moléculaire
Références bibliographiques
Chapitre 7 (p. 155) / Sarah SAMADI & Anouk BARBEROUSSE / Espèce
1 – « Qu’est-ce qu’une espèce ?» : éléments ontologiques et historiques du débat
1.1 – Quelques réflexions sur la perception intuitive de la biodiversité
1.2 – La perception prédarwinienne des espèces
1.3 – Effet de la révolution darwinienne sur le concept d’espèce
1.4 – Nature des discussions autour de la définition de l’espèce au 20e siècle
2 – Les espèces et la théorie de l’évolution aujourd’hui
3 – De la définition théorique aux critères opérationnels, aspects épistémologiques du débat
3.1 – Les organismes et leurs caractères
3.2 – Les espèces, hypothèses testables de la partition du réseau généalogique
4 – Moyens et méthodes de la délimitation des espèces au 21e siècle
4.1 – La délimitation primaire des espèces : pratique de l’alpha-taxonomie
4.2 – La détection de l’ascendance commune : critère phylogénétique
4.3 – L’interfécondité et ses conséquences : le critère « biologique » et ses dérivés
4.4 – Vers un développement de nouveaux critères
4.5 – Et la nomenclature dans tout ça ?
5 – Perspectives
Références bibliographiques
Chapitre 8 (p. 175) / Guillaume Lecointre / Filiation
1 – Naissance de la filiation des espèces
1.1 – Difficultés de traduction
1.2 – De quoi parle la figure de Darwin (1859) ?
1.3 – Courroie de transmission entre processus et patrons
2 – L’homologie
2.1 – L’homologie : des paris sur la filiation
2.2 – La notion de plan : les homologies antiphylogénétiques
3 – La construction de l’arbre : Willi Hennig
3.1 – Construction des caractères
3.2 – On ne classe jamais qu’un échantillon
3.3 – Les innovations évolutives de l’échantillon sont les marqueurs de l’apparentement exclusif
3.4 – Polariser les caractères par l’ontogénie
3.5 – Polariser les caractères par comparaison avec l’extra-groupe
3.6 – Assumer ses postulats
3.7 – La procédure standard
3.8 – Coder les caractères
3.9 – Placer les transformations des caractères sur les arbres
3.10 – Appliquer le principe de parcimonie
3.11 – Deux groupes-frères ont le même rang
3.12 – Nommer les clades
3.13 – L’arbre retenu nous enseigne quels attributs sont hérités d’un ancêtre commun exclusif
4 – Généalogie et phylogénie
5 – Qu’est-ce que la phylogénie ?
6 – La forme de l’arbre de la vie
7 – La filiation, cahier des charges de toute classification biologique
7.1 – La contrainte de monophylie est-elle incluse chez Darwin (1859) ?
8 – Les ancêtres sont-ils connaissables ?
Références bibliographiques
Chapitre 9 (p. 225) / Stéphane TIRARD / Vie
1 – Des débuts de la microscopie à la chimie biologique : l’approche des bases matérielles de la vie
1.1 – Voir et penser l’échelle microscopique
1.2 – Des constituants élémentaires et fondamentaux pour la matière du vivant
1.3 – Claude Bernard : la vie entre milieu et protoplasme
1.4 – Pasteur et la frontière entre le non-vivant et le vivant
1.5 – La recherche des bases physiques de la vie
2 – Les 19e et 20e siècles et l’historicisation de la vie
2.1 – Le temps de la Terre et le temps de la vie
2.2 – L’origine des espèces de Darwin, les modalités d’une histoire de la vie
2.3 – Penser les origines de la vie
2.4 – Des molécules porteuses d’histoire
3 – Quel monde prébiotique ? Ou le 20e siècle et la réflexion sur les origines de la vie
3.1 – Des scénarios pour l’évolution de la matière
3.2 – Du réductionnisme à la chimie prébiotique
3.3 – Un monde ARN ?
3.4 – Les origines de la vie entre contingence et universalité
4 – Conclusion
Références bibliographiques
Partie 2 : Le darwinisme en chantier
2.1 : Épistémologie
Chapitre 10 (p. 245) / Anouk BARBEROUSSE & Sarah SAMADI / Pourquoi et comment formaliser la théorie de l’évolution ?
1 – Formulations existantes de la théorie de l’évolution
2 – Les expériences de Richard Lenski
3 – La théorie de l’évolution aujourd’hui : proposition de formalisation
4 – Bénéfices théoriques et conceptuels
5 – ConclusionRéférences bibliographiques
Annexe 1 : Formalisation de la théorie de l’évolution par Lewontin (1970) proposée dans « The Units of Selection »
Annexe 2 : Théories, lois et modèles
Annexe 3 : Dispositif expérimental de Lenski
Annexe 4 : Hypothèses sur les déterminants du succès reproductif d’un organisme dans son environnement
Chapitre 11 (p. 265) / Pascal CHARBONNAT / Continuités et discontinuités des mécanismes de la variation dans L’Origine des espèces
1 – Quantités de variations et variabilités
2 – Darwin et les continuismes de ses prédécesseurs
3 – La combinatoire des sources de la variation
4 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 12 (p. 285) / Frédéric BOUCHARD / La fitness au-delà des gènes et des organismes
1 – État des lieux
2 – Comment rendre compte de l’évolution de systèmes biologiques « non standard » ?
3 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 13 (p. 305) / Michel MORANGE / Darwinisme et biologie moléculaire
1 – Des tentatives anciennes, mais souvent inabouties
2 – Surmonter les obstacles épistémologiques
3 – Les éléments favorables aujourd’hui à une réintégration de l’histoire évolutive dans la biologie fonctionnelle
4 – Conclusions
Références bibliographiques
Chapitre 14 (p. 317) / Pierre-Alain BRAILLARD / La biologie des systèmes peut-elle se passer d’une vision évolutive ?
1 – La biologie des systèmes et l’étude du design des réseaux biologiques
2 – Les problèmes de l’artifact thinking en biologie
2.1 – Le problème de l’adaptationisme
2.2 – Le bricolage évolutif
3 – Quelques arguments en faveur de l’application de l’ingénierie à la biologie
4 – Pourquoi l’étude des principes d’organisation ne pourra se faire sans une approche évolutive ?
5 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 15 (p. 337) / Christophe MALATERRE & Francesca MERLIN / L’(in)déterminisme de l’évolution naturelle : quelles origines pour le caractère stochastique de la théorie de l’évolution ?
1 – Les arguments pour/contre l’(in)déterminisme de l’évolution
1.1 – La dérive génétique aléatoire
1.2 – L’interprétation propensionniste de la valeur adaptative (fitness)
1.3 – Le comportement de prédation aléatoire
1.4 – Mutations et percolation quantique
2 – Vers une explication du caractère stochastique de la théorie de l’évolution
2.1 – La théorie de l’évolution?: multifactorielle et multiniveaux
2.2 – Expliquer le caractère stochastique de la théorie de l’évolution
3 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 16 (p. 359) / Pascal TASSY / Darwin et la phylogénétique : hier et aujourd’hui
1 – Pattern, structure de parenté
1.1 – La question de l’homologie
1.2 – Homologie primaire, homologie secondaire
2 – Processus et modèles
2.1 – Effacement du signal et succès phylogénétiques
3 – Un exemple pour finir
Références bibliographiques
Chapitre 17 (p. 381) / Guillaume LECOINTRE / Récit de l’histoire de la vie ou De l’utilisation du récit
1 – Les raisonnements à l’œuvre au sein de la théorie : notion de preuve et de loi
1.1 – La preuve historique
1.2 – La preuve expérimentale (ou preuve « hypothético-déductive »)
1.3 – Les deux types de preuve contribuent à la scientificité d’une affirmation
1.4 – Les raisonnements à l’œuvre en sciences de l’évolution
1.5 – Notion de loi
1.6 – Récapitulatif
2 – Quand la rétrospective historique vient au secours des valeurs : les sélections abusives
2.1 – Des sélections abusives d’événements
2.2 – L’exemple de « la sortie des eaux »
2.3 – Des sélections abusives de paysages
2.4 – Des sélection abusives d’objets
3 – Récapitulons : le récit historique et ses biais
4 – Tentatives de solutions
5 – Tentative de récit : une sélection arbitraire de données sur l’histoire de la vie et de la Terre
6 – Épilogue
Références bibliographiques
2.2 : Des molécules aux écosystèmes
Chapitre 18 (p. 409) / Thomas HEAMS / De quoi la biologie synthétique est-elle le nom ?
1 – Les trois grandes écoles de la biologie synthétique
1.1 – à la recherche de la protocellule
1.2 – Ingénierie cellulaire à l’échelle du génome
1.3 – La construction de « machines à ADN »
2 – Les défis théoriques de la biologie synthétique
2.1 – Biologie synthétique et évolution
2.2 – Biologie synthétique et complexité
3 – Biologie synthétique et société
Références bibliographiques
Chapitre 19 (p. 445) / Antoine DANCHIN / Sélection naturelle et immortalité
1 – Bref survol des idées sur le vieillissement
2 – Reproduction ou réplication ?
3 – La création d’information est réversible
4 – La sélection naturelle est un principe nouveau mais directement issu de la physique
5 – Organisation comparée des génomes bactériens
6 – Produire de l’information via un processus de dégradation qui utilise de l’énergie
7 – Conclusion provisoire
Références bibliographiques
Chapitre 20 (p. 471) / Jean-Jacques KUPIEC / Une approche darwinienne de l’ontogenèse
1 – L’ordre par l’ordre
2 – Le manque de spécificité des protéines
3 – Les causes du manque de spécificité moléculaire
3.1 – La multiplicité des domaines d’interaction
3.2 – La plasticité des sites d’interaction
3.3 – Les protéines désordonnées
3.4 – La spécificité n’est pas un concept expérimental
4 – Conséquences du manque de spécificité moléculaire
5 – La contradiction du déterminisme génétique
6 – Le principe de l’ontophylogenèse
7 – La différenciation cellulaire
8 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 21 (p. 495) / Guillaume BALAVOINE / La génétique du développement comparée et son apport à la théorie de l’évolution
1 – Qu’est-ce qu’un gène régulateur du développement ?
1.1 – Les gènes homéotiques ou la découverte des « gènes architectes »
1.2 – La notion de gène sélecteur
1.3 – Les réseaux de régulation génique du développement
1.4 – Les molécules de signalisation
2 – Peut-on reconstituer l’histoire évolutive des animaux à l’aide des gènes du développement ?
2.1 – Des gènes régulateurs partagés chez tous les animaux
2.2 –… mais des réseaux géniques plus labiles
2.3 – La querelle des ancêtres
3 – Quel est le rôle des gènes du développement dans l’évolution morphologique ?
3.1 – Les gènes du développement précoce sont réutilisés et impliqués dans l’évolution adaptative
3.2 – Un modèle naturel d’étude prometteur : l’épinoche
3.3 – Le bricolage des régions régulatrices à l’origine de caractères nouveaux
4 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 22 (p. 525) / Thomas PRADEU / Darwinisme, évolution et immunologie
1 – La « révolution darwinienne » de l’immunologie : la théorie de la sélection clonale
2 – Le soi et le non-soi, obstacles à l’articulation entre l’immunologie et l’évolution
3 – Le mythe du « lamarckisme » en immunologie
4 – L’importance de l’immunité innée et la nouvelle construction de l’histoire évolutive du système immunitaire
5 – L’adoption d’une perspective microbiologique et écologique en immunologie
6 – Le point de vue immunologique sur l’évolution de l’individualité et la sélection multiniveaux
7 – Conclusion : quel darwinisme en immunologie ?
Références bibliographiques
Chapitre 23 (p. 543) / Henri CAP / Comportement et évolution : regards croisés
1 – Éthologie : un état des lieux explosif
2 – La pensée naturaliste en éthologie
3 – Phylogénétique : une science en évolution…
4 – Les caractères comportementaux en phylogénétique
4.1 – Les critères de l’homologie comportementale
4.2 – Faiblesse supposée du comportement par rapport aux autres données en systématique
5 – De nouveaux outils pour la reconstruction phylogénétique : les éthotypes ancestraux
6 – Limites et perspectives de l’utilisation du comportement en systématique
7 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 24 (p. 575) / Pierre-Henri GOUYON & Tatiana GIRAUD / Le sexe et l’évolution
1 – L’énigme évolutive de la sexualité
2 – Deux explications de la sexualité
2.1 – L’explication par la « reine rouge »
2.2 – La réparation de l’ADN
3 – Critiques de ces explications
4 – La sexualité, un caractère primitif
5 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 25 (p. 587) / Priscille TOURAILLE / Coûts biologiques d’une petite taille pour les Homo sapiens femelles : nouvelles perspectives sur le dimorphisme sexuel de stature
1 – Quelques repères théoriques sur les dimorphismes de taille corporelle
1.1 – Pourquoi une approche adaptative ?
1.2 – Le modèle explicatif classique : des mâles qui augmentent de taille
1.3 – Un modèle récent : des femelles qui diminuent de taille
2 – L’état de la question pour l’espèce humaine
2.1 – L’hypothèse jamais testée du lien entre stature et combat physique entre hommes
2.2 – L’hypothèse génétiquement improbable d’un « héritage évolutif »
2.3 – L’hypothèse curarisante d’une « réduction » du dimorphisme sexuel
3 – L’hypothèse manquante : diminution de la taille des femmes sous l’effet d’inégalités nutritionnelles
3.1 – Pourquoi les femmes ne sont-elles pas plus grandes que les hommes ?
3.2 – « Ressources limitées » ou politiques alimentaires d’inégalité ?
4 – L’hypothèse récente : une sélection par choix de partenaire dans les sociétés occidentales
4.1 – Les hommes grands et les femmes petites ont plus d’enfants : des preuves de sélection
4.2 – Du côté du « choix des femmes »
4.3 – Du côté du « choix des hommes »
4.4 – L’épineuse question de l’héritabilité des préférences
4.5 – Les hommes « doivent » être plus grands que les femmes : le pouvoir d’une idée
5 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 26 (p. 607) / Julien DELORD / Écologie et évolution : vers une articulation multi-hiérarchisée
1 – Résumé des rapports historiques entre écologie et évolution
2 – Analyse des distinctions méthodologiques et épistémologiques entre écologie et évolution
3 – L’écologie évolutive : de la vertu des modèles intégratifs
4 – La théorie neutre de la biodiversité ou l’écologie faite évolution
5 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 27 (p. 629) / Arnaud Pocheville / La niche écologique : histoire et controverses récentes
1 – Histoire du concept de niche
1.1 – Le concept avant la lettre
1.2 – Grinnell et Elton, la nucléation du concept
1.3 – George Hutchinson et le principe d’exclusion compétitive
1.4 – L’âge d’or : la théorie de la niche
1.5 – Les années 1980 : le déclin
1.6 – Chase et Leibold, la rénovation
1.7 – La théorie de la construction de niche et la niche des cellules souches
2 – Le concept de niche et les théories de la coexistence
3 – La théorie neutraliste et son bouquet de controverses
3.1 – La théorie neutre avant la lettre
3.2 – Caractéristiques des modèles neutres
3.3 – Domaine de performance de la théorie neutre
3.3.1 – Qualité des hypothèses
3.3.2 – Qualité des prédictions
3.4 – Nature de l’opposition entre théorie neutre et théorie de la niche
3.4.1 – Statut de la stochasticité
3.4.2 – La théorie neutre : une hypothèse nulle ?
3.4.3 – Dimensionnalité des modèles
4 – Conclusions
4.1 – Acceptions du concept
4.2 – Niche et neutralité
Références bibliographiques
Chapitre 28 (p. 657) / Pierre-Olivier METHOT / Darwin et la médecine : intérêt et limites des explications évolutionnaires en médecine
1 – Médecine et évolution : un survol historique
2 – Médecine darwinienne ou médecine évolutive ?
2.1 – La médecine darwinienne : un programme adaptationniste
2.2 – De la médecine darwinienne à la médecine évolutive
3 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 29 (p. 685) / Massimo Pigliucci / Avons-nous besoin d’une « synthèse évolutive étendue » ?
1 – Une brève histoire conceptuelle de la biologie de l’évolution
2 – Manque-t-il quelque chose à la théorie synthétique de l’évolution ?
3 – La synthèse évolutive étendue à venir
4 – Il n’y a pas de changement de paradigme
Références bibliographiques
Partie 3 : Le darwinisme exporté
Chapitre 30 (p. 705) / Guillaume LECOINTRE & Chomin CUNCHILLOS / L’exportation de la pensée phylogénétique en biochimie
1 – Les problèmes posés par l’exportation
2 – Pertinence de l’application d’outils phylogénétiques aux voies du métabolisme
3 – Quelles sont les premières fonctions enzymatiques du vivant ? Quels furent les premiers métabolismes disponibles ? Pourquoi
le catabolisme des acides aminés est-il important ? Comment se place le cycle de Krebs ?
4 – Hypothèses d’homologie
4.1 – Échantillonnage
4.2 – Le codage et les critères d’homologie
4.3 – Enracinement
5 – Résultats et mise en ordre des événements
6 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 31 (p. 731) / Marc SCHOENAUER / Les algorithmes évolutionnaires
1 – L’algorithme
2 – Opérateurs de variation
2.1 – Croisements
2.2 – Mutations
3 – Diversité génétique et paramétrisation
3.1 – Exploration vs exploitation
3.2 – Paramétrisation d’un algorithme évolutionnaire
4 – Les algorithmes historiques
4.1 – Algorithmes génétiques
4.2 – Stratégies d’évolution
4.3 – Programmation évolutionnaire
4.4 – Programmation génétique
4.5 – Algorithmes évolutionnaires
5 – Domaines d’application
5.1 – Optimisation combinatoire
5.2 – Optimisation paramétrique
5.3 – Optimisation multi-objectif
5.4 – Approches développementales pour la conception
6 – Conclusions
Références bibliographiques
Chapitre 32 (p. 747) / Nicolas Bredèche / Evolution de robots autonomes et autres créatures artificielles
1 – Construire des machines « morpho-fonctionnelles »
2 – Évolution artificielle : optimisation et découverte
3 – Quels problèmes ? Conception hors ligne et adaptation en ligne
3.1 – Conception hors-ligne
3.2 – Adaptation en ligne
4 – Mécanismes et opérateurs
4.1 – Représentation et opérateurs de variations
4.2 – Pression à la sélection et évaluation de la performance
5 – Limites et enjeux
5.1 – Les verrous scientifiques
5.2 – Un outil pour l’ingénieur
6 – Et demain ?
Références bibliographiques
Chapitre 33 (p. 769) / Philippe HUNEMAN & Édouard MACHERY / La psychologie évolutionniste : enjeux, résultats, débats
Chapitre 34 (p. 779) / H. Clark BARRETT / Les modules « en chair et en os »
1 – Problèmes définitionnels
2 – Penser en biologiste
3 – Les modules faits de viande
4 – Prendre la métaphore de l’organe au sérieux
5 – Le modèle enzymatique
6 – Chercher des réponses dans le cerveau
Références bibliographiques
Chapitre 35 (p. 787) / H. Clark BARRETT / Le développement comme cible de l’évolution : une approche computationnelle des systèmes développementaux
1 – Le développement fiable
2 – Les cibles développementales appropriées
3 – Types de résultats et exemples de résultats
4 – Une approche computationnelle des systèmes développementaux évolutifs
5 – Les implications pour les débats actuels
Références bibliographiques
Chapitre 36 (p. 795) / Stephen M. DOWNES / La Psychologie Évolutionniste, l’adaptation et l’organisation
1 – La Psychologie Évolutionniste
2 – Adaptation
3 – L’adaptationnisme
4 – La Psychologie Évolutionniste, l’organisation [design] et l’adaptationnisme explicatif
5 – Conclusion
Chapitre 37 (p. 813) / Pierre POIRIER & Luc FAUCHER / Des sciences cognitives évolutionnaires doublement externalistes
1 – Externalisme en biologie de l’évolution et en sciences cognitives
1.1 – Qu’est-ce que l’« externalisme » ?
1.2 – Internalisme en psychologie évolutionniste
1.3 – Vers une psychologie évolutionniste externaliste
2 – Études robotiques de la cognition évoluée « embodied »
3 – Neurosciences cognitives du développement
3.1 – L’acquisition d’expertise
3.2 – Le développement de la reconnaissance des visages
3.3 – Autisme et reconnaissance des visages
3.4 – Leçons
4 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 38 (p. 851) / Édouard MACHERY / A propos de la notion de nature humaine
1 – Deux notions de nature humaine
1.1 – La notion essentialiste
1.2 – La notion nomologique
2 – Les arguments de Hull
3 – Deux objections
3.1 – Une notion Canada Dry ?
3.2 – Est-ce que tous les traits appartiennent à la nature humaine ?
4 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 39 (p. 863) / Jean-Louis DESSALLES / Une anomalie de l’évolution : le langage
1 – Pourquoi donner des informations à ses concurrents ?
2 – Éthologie du langage
3 – Anatomie cognitive du comportement langagier
4 – Pourquoi le langage ? Les explications peu darwiniennes
4.1 – Les « vertus » adaptatives du langage
4.2 – L’argument des préconditions
4.3 – L’argument de l’utilité du langage
5 – L’avantage du locuteur
6 – L’information dans la politique homininée
7 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 40 (p. 883) / Christine CLAVIEN / Évolution, société, éthique : darwinisme social versus éthique évolutionniste
1 – Darwinisme social et prosocial
2 – EE versus darwinisme social et prosocial
3 – L’EE dans le détail
4 – L’apport de l’EE aux quatre niveaux de l’éthique
5 – Explications de la genèse de la moralité
6 – Le passage délicat du factuel au normatif
7 – L’inutile quête du fondement ultime de la morale
8 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 41 (p. 907) / Jérôme RAVAT / Morale darwinienne et darwinisme moral
1 – La Filiation de l’homme : un ouvrage révolutionnaire
2 – Phylogenèse du sens moral : le continuisme darwinien
2.1 – Affinités morphologiques et intellectuelles
2.2 – Facultés intellectuelles et affectives
2.3 – Les instincts sociaux
3 – L’émergence du sens moral au sein de l’espèce humaine
3.1 – Sélection de groupe et altruisme réciproque
3.2 – Le sens moral comme marque distinctive de l’humain
3.2.1 – La sympathie universelle
4 – Darwin et le « darwinisme moral »
4.1 – La morale darwinienne
4.2 – Darwin contre les darwiniens moraux
5 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 42 (p. 927) / Christophe HEINTZ & Nicolas CLAIDIERE / Les darwinismes contemporains en sciences humaines
1 – Ce que le darwinisme biologique peut dire sur les comportements humains
1.1 – Maximisation de la fitness et comportement humains
1.2 – L’évolution biologique des mécanismes de transmission sociale
1.3 – Conclusion : les multiples usages de l’adaptationnisme
2 – Le darwinisme appliqué à l’évolution culturelle
2.1. La pensée populationnelle pour caractériser la culture
2.1.1 – La pensée populationnelle en biologie
2.1.2 – La pensée populationnelle en sciences sociales
2.2 – La sélection des éléments culturels
2.2.1 – La sélection naturelle en biologie
2.2.2 – La sélection naturelle dans le domaine culturel
2.3 – Les mèmes, des réplicateurs culturels
2.3.1 – La théorie des réplicateurs en biologie
2.4 – Conclusion : types de darwinisme universel et son application aux théories de la culture
3 – D’où provient la stabilité des éléments culturels ?
3.1 – Combiner et intégrer les approches darwiniennes
3.2 – Transmission culturelle et imitation
3.2.1 – La transmission culturelle ne se réduit pas à l’opération d’un mécanisme pour l’imitation
3.2.2 – L’imitation comme phénomène observé ne rend pas compte de la production des phénomènes culturels
3.3 – Les facteurs psychologiques de distribution et de stabilisations des entités culturelles
3.3.1 – Transmission culturelle et psychologie évolutionniste
3.3.2 – Le modèle des attracteurs
4 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 43 (p. 957) / Eva Debray / L’économie évolutionniste : une forme spécifique d’évolution ?
1 – Pourquoi une économie évolutionniste ? Une alternative à la théorie néoclassique considérée comme non réaliste
1.1 – La théorie de l’équilibre
1.2 – La rationalité maximisatrice des agents économiques
2 – Difficultés épistémologiques : faut-il penser l’évolution économique comme une forme spécifique d’évolution ?
2.1 – Intention versus sélection ?
2.2 – Réponse : une conception trop forte de la rationalité de l’agent semble être à la base de l’argument
3 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 44 (p. 975) / Mahé BEN HAMED / La linguistique historique, nouveau terrain d’expérimentation de la phylogénie
1 – Le cheminement curieusement parallèle de la biologie évolutive et de la linguistique historique
1.1 – Des intuitions communes
1.2 – Des méthodologies analogues
1.3 – La rupture computationnelle
2 – La nouvelle synthèse phylo-linguistique
2.1 – Phylogénie et peuplement de l’Océanie
2.2 – Phylogénie linguistiques et évolution culturelle
2.3 – Phylogénie et datation du proto-indo-européen
2.4 – Au-delà des arbres
3 – Conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 45 (p. 997) / Françoise LONGY / Fonctions biologiques et contenus sémantiques : la téléosémantique
1 – La téléosémantique contre le dualisme de Brentano
2 – Fonctions biologique et téléologie naturelle
3 – De l’abeille à l’homme, une théorie objective de la représentation qui laisse place à l’erreur
4 – Le problème de l’indétermination des contenus (I) : la nature de la théorie darwinienne
5 – Le problème de l’indétermination des contenus (II) : le point de vue des consommateurs
6 – Au delà du problème de l’indétermination fonctionnelle
7 – Conclusion
Références bibliographiques
Partie 4 : Le darwinisme reçu
Chapitre 46 (p. 1027) / Olivier BROSSEAU & Marc SILBERSTEIN / Évolutionnisme(s) et créationnisme(s)
1 – Polyphonie des créationnismes
2 – L’Église catholique, la science et la théorie darwinienne de l’évolution
2.1 – Prise de position contre un rapport du Conseil de l’Europe
2.2 – Un discours de référence de Jean-Paul II
2.3 – Ballons d’essai vis-à-vis du mouvement de l’Intelligent Design
2.4 – La mobilisation des académies pontificales
2.5 – Le retour des intégristes catholiques
3 – Monotonie des créationnismes
Références bibliographiques
Chapitre 47 (p. 1045) / Corinne FORTIN / L’enseignement de la théorie de l’évolution dans le secondaire : quelques enjeux didactiques
1 – De la réforme de 1902 à l’enseignement actuel de l’évolution
2 – Les orientations épistémo-pédagogiques
3 – Les représentations des élèves sur l’évolution
4 – Les conceptions épistémologiques des enseignants
5 – Perspectives pour un enseignement opératoire de l’évolution
6 – En guise de conclusion
Références bibliographiques
Chapitre 48 (p. 1061) / Pascal PICQ / Les dessous de l’hominisation : les origines de l’homme entre science et quête de sens
1 – Origines et dérives de l’hominisation
2 – Les philosophes et les anthropologues maudits
3 – Pour en finir avec l’hominisation en paléoanthropologie
Références bibliographiques
Postface de Richard C. LEWONTIN (p. 1077)
In memoriam. Hommage à Marie-Claude Lorne (1969-2008), par Philippe HUNEMAN & Anouk BARBEROUSSE (p. 1081)
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